Klasifikasi Protozoa Berdasarkan Alat Geraknya (2) :

2) Flagellata (Filum Mastigophora) 

Bergerak dengan flagel (bulu cambuk) yang digunakan juga sebagai alat indera dan alat bantu untuk menangkap makanan. Dibedakan menjadi 2 (dua), yaitu : 

a) Fitoflagellata 
  Flagellata autotrofik (berkloroplas), dapat berfotosintesis.  
Contohnya :

- Euglena viridis dan Volvax globator (makhluk hidup peralihan antara protozoa dengan ganggang) 
- Noctiluca milliaris (hidup di laut dan dapat mengeluarkan cahaya bila terkena rangsangan mekanik). 
b) Zooflagellata 
  Flagellata heterotrofik (Tidak berkloroplas). 
Contohnya :

- Trypanosoma gambiens dan Trypanosoma rhodesiense (Menyebabkan penyakit tidur di Afrika dengan vektor (pembawa) lalat Tsetse (Glossina sp.) 
- Trypanosoma cruzl (Mengakibatkan penyakit chagas) 
- Trypanosoma evansi (Mengakibatkan penyakit surra, pada hewan ternak (sapi). 
- Leishmaniadonovani (Mengakibatkan penyakit kalanzar) 
- Trichomonas vaginalis (Mengakibatkan penyakit keputihan) 

Semua organisme yang tergolong flagellata memiliki flagellum yang berperan sebagai alat gerak. Mastighopora yang bersifat parasit adalah genus Trypanosoma dan genus Trichomonas. 

Beberapa jenis Mastigophora yang bersifat parasit dan penyakit yang ditimbulkannya dapat dilihat pada tabel berikut : 
1. Trypanosoma gambiense & Trypanosoma rhodesiense menumbuhkan parasit dalam darah manusia dan dapat menyebabkan penyakit tidur. Di Afrika penularan dilakukan oleh lalat Tse-tse yaitu Glosina palpalis. 
2. Trypanasoma cruzi, menimbulkan penyakit chagas di Amerika 
3. Trypanasoma evansi, menimbulkan penyakit sura pada hewan 
4. Trypanosoma brucei, menimbulkan penyakit nagana pada sapi dan kerbau 
5. Trypanasoma vaginalis, menimbulkan keputihan pada vagina wanita 
6. Trypanasoma foetus, menimbulkan parasit pada vagiana sapi